通过对阿尔法粒子实验结果的重新解析，并结合以太认识，就可以构建出新的原子结构模型，即以太旋涡理论下的原子模型：
原子、质子（H+），其空间都是微观以太旋涡运动结构，形态与太阳系几近一样，只是时空尺度的区别。而原子核、质子核，仍只是微观的地球、太阳而已。
原子核的结构，是由更微观以太旋涡堆积而成，一如原子以太旋涡堆积成地球，直到以太尺度。这些更微观的以太旋涡之间的相互振动，对旋涡之间的以太产生排挤与吸收作用，类似呼吸效应，导致原子空间内的以太通过原子核两极以螺旋收敛方式吸入原子核中心，并从原子赤道面喷发排出，从而驱动原子核自转，同时驱动原子空间里的以太成为旋涡流。原子核中心区域有一个更微小的内核，就如地球有一个地核。这些更微观的以太旋涡与原子内核，远超人类的观察能力，因此没必要过分深入研究，只需认识结构原理就行。原子与原子之间的边界，是以双方旋涡力的平衡为边界。边界内外都是以太，只是以太运动状态不同。
原子空间内的电子，也与太阳系内的行星相似，结构模型与原子模型一致，其空间也是一个超微观以太旋涡。一个电子占有一条轨道，并在原子黄道面上随原子以太涡流漂移，绕原子核作公转运动。当然，这个自转及公转的角速度都极其高，在人类1秒记的时间里，电子可以自转公转万亿周都不止。这些电子相互间也如各行星一般大小不一，空间尺度迥异，应其围绕的原子核的大小不同，甚至可以有氢、氦原子那么大。大电子的空间也如木星、土星这些大行星带有卫星一般，也可以带有更微观的超微以太旋涡绕其公转。
会在“电荷单元考查”小节及其它小节中进一步论述原子、电子以太旋涡的各个特征。
