酸性与碱性是化学属性很重要的两类，故专门开小节分析其运作机理。
在一般化学实验中，人们发现带H+的分子呈现酸性，带OH-的分子呈现碱性，至于为何多了个H+就表现出酸的特征，多了个OH-就表现出碱的特征，这是经典化学理论是无法解释。这里用以太旋涡理论来具体描绘实验现象下的物质运动本质。
酸性与碱性，在化学实验中，其实是分子以太旋涡对仪器展现出来的信号特征。
如尝到醋的酸味，是舌头(仪器)接收到电信号，PH试纸(仪器)颜色变红或变紫，是眼睛(仪器)接收到的光信号。这些味道、颜色的感觉，都是信号，本质是波作用。它是微观尺度某类特定运动形态的分子以太旋涡对仪器作用产生的宏观现象，是一种信号归类。
分子以太旋涡中并没有“酸、碱”这类客观形态存在，有且只有微观以太旋涡的运动：涡流偏向与偏向后的波传递。如硫酸、烧碱之类的酸碱物质呈现出“酸性”、“碱性”这类化学属性，在于氢基-H离子、氢氧基-OH离子参与分子以太旋涡偏向过程有其固定作用特征。
酸的-H涡流偏向运动特征
在“原子活跃性”小节中曾提到氢原子H的特性：是所有元素原子之中运动处于最低平衡状态，有最小的空间尺度，排在原子周期表第一位。其它物理研究更发现有的重元素原子可以发射质子，在经典物理理论中，质子就是失去电子的氢原子，在以太论里，质子就是游离态的氢原子。
如此特征的氢原子，处于游离状态时，容易被捕获，被牵引。当它围绕在一个大质量且活跃性高的原子以太旋涡如氧、氯周边作公转运动时，可以认为是这个大质量原子以太旋涡的远核外大电子，如此“远核外大电子”的存在，导致整个大原子结构处于极不平衡状态，有极强的极性，也即有极强的涡流偏向作用，从而表现出特定的化学属性。
这种氢原子参与的次生以太旋涡（分子）的偏向涡流，在一个时段内表现出锯齿般的形态结构，导致整个分子以太旋涡结构，就如一个高速旋转的微观电锯锯片，对其它物质的原子耦合结构产生强烈破坏作用。在氢原子绕大分子以太旋涡公转的一个周期内，则如一个链球运动员拽着一个大链球旋转，可以产生很强的破坏作用。这个破坏作用，具体过程仍是如上面氢氧燃烧那样的旋涡的分解与结合过程的动态变化，宏观上表现为腐蚀性。
腐蚀性表达在PH试纸上，导致试纸表面浸染物的分子结构发生变化，从而出现颜色发生变化。当这种偏向作用向人的味蕾传递振动信号，就是酸味。如此化学现象下的众多物质归类，就是酸。
碱的-OH涡流偏向运动特征
水的分子以太旋涡结构是H-OH耦合形态，只有极个别H+、OH-游离出来，总体让水表现为中性，有微弱导电性。氢氧基-OH离子，本身是一种酸结构特征的小分子以太旋涡，金属离子则比氢离子有更高的运动周期与角动量，当金属离子与氢氧基-OH离子相结合时，就会破坏水的中性稳定形态，OH-离子构成金属离子的“远核外大电子”，从而导致金属离子-氢氧基-OH离子的次生分子以太旋涡耦合结构表现为碱。
显然人们无法观察到这个“金属离子－氢氧基－OH离子的耦合结构”的运动形态，但通过电荷本质是以太旋涡力场梯度分布的解构，与简单的正负电荷相吸相斥原理，及以太旋涡耦合形态的一般描绘，可以粗略描绘这个微观分子以太旋涡的运作机理。
以氢氧化钠分子以太旋涡耦合结构为例：
以钠离子以太旋涡Na+的原子核为不动基点，OH-离子以太旋涡围绕钠离子以太旋涡作顺时针公转运动，而氢H+则绕氧O-作逆时针公转运动。这种累加运动导致整个NaOH分子以太旋涡耦合结构会出现Na-O-H与Na-H-O两种状态。
当出现Na-O-H耦合结构时，Na+与O-两原子核因涡流相吸而相互靠近，导致Na+与O-之间的以太受挤压而被喷出分子作用中心，如呼吸运动中的呼气作用。当出现Na-H-O耦合结构时，因Na+与H+相互排斥，Na+与O-两原子核相互远离，导致Na+与O-外围的以太受吸引而吸入分子作用中心，如呼吸运动中的吸气作用。
Na-O-H耦合结构状态下，虽然以太是被从分子中心喷出，但受OH旋涡逆时针运动的影响，整体呈现逆时针湍流形态，而被Na+离子吸引，表现出收敛效果。而Na-H-O耦合结构下的吸引作用更是强化了这种收敛效果，在宏观作用上表现为碱性，在感觉上就是苦味。
氢氧-OH基对外作用的本质，仍是氢基-H的作用传递。只是给人们的感官不同而分别定义。若说酸-H对物质的腐蚀是电锯片的顺时针切割，那碱-OH基对物质的腐蚀是电锯片的逆时针切割。当等量的酸碱混合在一起，-H与-OH结合，相互发生耦合作用与振动波的干涉，表现为水（H2O）呈中性。
雪印堂主人注：这里对酸碱分子以太旋涡的运动解析，都是粗略的描绘，在于微观层次的分子旋涡运动，是原子以太旋涡运动强度、原子内部电子连珠结构周期、外部次生以太涡流偏向、宏观环境等等一系列复杂运动的整合结果，相关的精确定量分析远超人类的仪器能力。但这种描绘可以给人们一个参考作用，从而更接近化学作用的实质，而不是西方化学理论中那种静止的场景。
