一个生命体，如人、动物、植物等，由众多微观化学分子组成，人们一般归类是水、碳水化合物、蛋白质、脂肪、无机盐等几大类。而生命体中，又以蛋白质与遗传物质DNA尤为重要，蛋白质的基础成分是氨基酸，遗传物质DNA的基础成分是核糖核苷酸。在以太旋涡理论里，可以重新考查这几种重要的分子结构。
氨基酸，是含有碱性氨基和酸性羧基的有机化合物，化学式是R—CHNH2COOH。羧酸碳原子上的氢原子被氨基取代后形成的化合物。是蛋白质的基础单元，人们在生命体中共发现二十来种氨基酸。这些氨基酸通过不同的数量与组合方式，构成生命机体的重要组件。由于科学界并没有认识到以太的存在，从而不能构建出正确的原子模型与原子核模型，于是对氨基酸构成蛋白质的过程描绘，氨基酸组成蛋白质后的化学功能表达，等等这些重要的生命现象，处于模棱两可或错误的描绘。如消化酶，是如何高效地实现催化作用？抗体酶，如何高效地杀灭病毒细菌？等等。这里在以太旋涡理论的基础上，解析氨基酸的基本结构与功能作用，来揭开这些生命活动的运作机制。
氨基酸，存在两个主要官能团：氨基—NH2与羟基—OH，再通过另外一个大分子基团相连，形成各种氨基酸，这被科学界在实验室中所认识。这里主要讲解这两个官能团的功能，核心是这两个官能团都存在一种模式，一体形态的振动与流动，即波流一体。
氨基，是—NH2，在经典原子理论里，被认为是一个氮离子与两个氢离子通过共用电子结合在一起，已经《万物意志篇》中否定共用电子概念，因此实际并不是这样结构形态。以太旋涡理论下，氨基的这种—NH2结构，是两个氢原子以太旋涡与一个氮原子以太旋涡通过耦合方式结合在一起，也即，由于氢原子以太旋涡与氮原子以太旋涡的尺度差异，两个氢原子以太旋涡在氮原子以太旋涡的黄道面上作漂流运动，一如土星木星围绕太阳公转。其中，每一个氢原子以太旋涡各占据一条公转轨道，两个氢原子以太旋涡自内向外共占据两条轨道。如此两个氢原子以太旋涡，成为这个氮原子以太旋涡的“远核外大电子”，这两个氢原子以太旋涡在公转时产生的位置关系变化，结合氮原子以太旋涡本身的涡流偏向特性，让氮原子以太旋涡空间里的涡流发生整体形变，从而对外产生特定的化学属性。
所有其它大原子以太旋涡，如C、N、O等，在其含H原子以太旋涡的离子耦合结构中，如—CH、—NH、—OH等，H原子均是如此作为“远核外大电子”功能，能强化这些大原子的以太流场与振动力场。同时，在C、N、O与H的相互耦合过程中，存在大原子量优先耦合的情况，即在碰到C、N、O同时存在的化合环境里，H优先与O结合形成—OH，其次与N结合形成—NH，最后才与C结合形成—CH，原因在于这三种原子以太旋涡中，O的活跃性最高，能优先破坏—H并捕获H原子以太旋涡，其次是N，最小活跃性是C。后面其它高分子的构架是同一原则，就不再另外说明。
两个氢原子以太旋涡的位置关系，主要体现在两个氢原子以太旋涡产生连珠现象，即两个氢原子以太旋涡与氮原子核处在同一条直线上，如太阳系里的两星连珠一般。这连珠现象，会对氮原子以太旋涡外围以太产生压力，周期性的连珠现象将压力向外传递时，表达为振动波。这股振动波，是氨基酸能对外界其它物质产生化学作用的重要物质作用形态。
而氮原子以太旋涡，常温下其正负原子形态通过异旋同极吸附模式耦合之后产生稳定的氮气，其元素物质的化合物能用于强酸、炸药、氧化剂，等等，表明的是氮原子以太旋涡的涡流特性本身，就是一种“连珠频率低，偏向大，角动量低”的形态，可以判定其本身的旋涡空间，存在几个大电子以太旋涡，图示中的数量设定为两个，大电子以太旋涡的具体数量仍待人们在实验室中确认。如此涡流特性，结合两个远核外氢原子以太旋涡的连珠结构，可以产生四星连珠现象，即氮原子以太旋涡内部的两个大电子以太旋涡与外来的两个氢原子以太旋涡，及氮原子核在一条直线上，周期性的四个大电子—氢原子以太旋涡连珠现象，产生周期性的振动波，如此强化了氮原子以太涡流对外界物质的作用，是为氨基，—NH2。
宏观上如氨气，NH3，有强烈的刺激性气味，其实就是这个氮原子以太旋涡的大电子导致的大偏向作用结合远轨道上的三个氢原子以太旋涡，产生更强振动波后给人的嗅觉感官。氨气的物理特性与氨基的物理特性，是有共同之处的，在于这种物理特性的内在运作机制相同。
羟基，是—OH，在经典原子理论里，被认为是一个氧原子与一个氢原子通过共用电子对结合而成，实际也并不是这样结构形态。以太旋涡理论下，—OH，是氧原子以太旋涡捕获氢原子以太旋涡后形成的氧—氢以太旋涡耦合结构。在这个结构里，氢原子以太旋涡在氧原子以太旋涡的黄道面上作漂移运动，相当于氧原子以太旋涡的“远核外大电子”，应氢原子以太旋涡在轨道圆周上的方位不同，从而让氧原子以太旋涡产生偏向作用，成为极性分子以太旋涡。
与氮原子以太旋涡类似，氧原子以太旋涡在常温下其正负原子形态通过异旋同极吸附模式耦合之后产生稳定的氧气，其元素物质的化合物能用于强酸、氧化剂，等等，也表明的是氧原子以太旋涡的涡流特性本身，是一种“连珠频率低，偏向大，角动量低”的运动形态，同样存在几个大电子以太旋涡。如此，在氧原子以太旋涡黄道面上漂移的氢原子以太旋涡，氧原子以太旋涡内部空间的大电子以太旋涡，产生大电子—氢原子以太旋涡连珠现象后，让氧原子以太旋涡的偏向表达到极致，对外表达出特定的化学属性。周期性的以太旋涡连珠现象产生振动波。如此涡流偏向与振动波对外界物质产生作用，应其与不同的其它原子（团）产生耦合结构，从而有不同的名称，如只与氢原子以太旋涡结合，构成水分子，是为氢氧根OH；只与活跃金属离子以太旋涡结合，构成碱，是为碱基OH，与有机分子以太旋涡结合，结构氨基酸等有机分子，是为羟基，—OH。
羟基的结构及运动模式，与水分子以太旋涡中的氢氧根OH有完全一样的形式，只是由于位置处在有机分子的环境中，而表现出不一样的化学属性，这只是信号特征不同而已。水分子以太旋涡的运动形态，在《万物意志篇》中的“燃烧与水分子结构考查”小节中作详细描绘，读者可以参考其中的表述。同时，羟基的功能，也与碱基OH是一样的，即能强化涡流的吸引作用。碱基的运动形态，在《万物意志篇》中的“酸性与碱性”小节中作详细描绘，读者也可以参考其中的表述。
氨基酸对外的物质作用，主要通过氨基与羟基来体现。氨基与羟基，是以离子以太旋涡的形式，分布在R基的周边。而R基，仍是单原子或多原子耦合结构下的分子以太旋涡。应R基的原子以太旋涡的成分不同，氨基与羟基在氨基酸分子以太旋涡的空间里作漂移运动时，对外表达的振动作用强度与涡流形态不同，从而有不同的酸碱属性，及不同种类的氨基酸，如甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸，等等。目前为止，人类共发现二十二种氨基酸。
由上面关于氨基与羟基的运动形态描绘可知，氨基酸，虽然含有碳、氧、氮元素，其实是水分子的变体，即扩展版。水分子的化学结构式是H—OH，而氨基酸的通用结构式虽然是R—CHNH2COOH，在以太旋涡理论中，是可以分为三大基础结构：—CH—NH2，—CO—OH，—R三种离子以太旋涡。其中—CH—NH2，对应水分子中的—H；—CO—OH，对应水分子中的—OH；—R对应对水分子以太旋涡的涡管吸附结构，即共价键。这三大基础结构的功能，与水分子的—H、—OH、涡管吸附结构是相同的，只是借碳、氧、氮元素原子以太旋涡的耦合结构，产生更高强度的涡流偏向作用与振动波，产生更高强度更复杂的涡流偏向作用与振动波，进而强化了这些离子的功能。这也是生命分子的全息构建形态。
氨基酸通用分子结构式，更接近实质的写法是：
（NH2·CH）·R·（CO·OH）
这结构式里，N与两个H耦合，最先形成—NH2，C与H耦合，也最先形成—CH；再—NH2与—CH耦合，形成—NH2—CH。同时，C与O耦合，最先形成—CO，O与H耦合，也最先形成—OH；再—CO与—OH耦合，形成—CO—OH。最后—NH2—CH与R及—CO—OH与R分别耦合，形成（NH2—CH）—R—（CO—OH）。如此结构式，可以反映分子以太旋涡下的先后及层级耦合作用。用·代替—，让这结构式更简约。
在—CH—NH2离子以太旋涡中，—CH，是氢原子以太旋涡成为碳原子以太旋涡的“远核外大电子”，也成为极性离子，—CH与—NH2通过耦合作用结合在一起时，形成的—CH—NH2离子的最大作用，是—CH与—NH2各自偏向叠加后的效果，有更高的的涡流偏向作用强度，并带来更高的振动波振幅，对外界作用表达为更高强度的振动力场。
同样，在—CO—OH离子以太旋涡中，—CO，宏观上对应的是一氧化碳气体，即CO，是一种极性分子以太旋涡。—CO是双原子极性离子以太旋涡，极性的本质是涡流偏向不对称，而碳元素C与氧元素O有相近的原子量，结合成CO后，会带来更大范围的涡流强度，即CO次生以太旋涡的作用范围更广，但极性又不如CH、NH2之类因原子量相差大而来得强烈。如此—CO与—OH通过耦合作用结合在一起时，形成的—CO—OH离子的最大作用，是—CO与—OH各自偏向叠加后的效果，从而有更高的涡流作用强度与相对略高的振动波振幅。在涡流作用上，表达为更高强度的吸引流场。在振动波作用上，则由于振动波振幅相对高，让—OH在有机分子中表达出酸性，是为羟基。而OH与金属离子结合成无机化合物，则只是涡流作用占主导地位，振动波则可忽略，从而只表达出碱性，是为碱基。
R基离子以太旋涡的作用，就是将—CH—NH2与—CO—OH约束在以R基为中心的局部空间内，应R基离子以太旋涡的偏向与流转周期不同，从而让—CH—NH2与—CO—OH对外界物质的作用有不一样的效果，表达为不同的氨基酸。
如此，—CH—NH2与—CO—OH，再次通过耦合作用被约束在R基周边，让整个氨基酸分子以太旋涡存在两种基本作用形态：振动与流动。—CH—NH2产生振动力场，—CO—OH产生流动力场。振动力场，以波动的形式对外界产生物质作用，可以破坏外界物质的耦合结构，一如电振动波、声波、热振动对其它物质的分解作用。而流动力场，则以涡流向心力及涡管吸附的形式对外界产生物质作用，可以吸引外界物质形成耦合结构，一如水漩涡的流动可以汇集重物质或漩涡涡管可以吸引落入其中的重物质。宏观与微观有相对应的运动场景，这也是全息构建模式。
科学界发现这二十几种氨基酸，有的表达出酸性，有的表达出碱性，有的表达为中性，也是源于这两种力场的作用强度的综合效果。应R基的形式不同，结合氨基与羟基后，产生的偏向不同，整个氨基酸分子的振动力场与流动力场同时对外界产生作用时，其强度有三种对比关系，从而表达为不同的酸碱性：
振动力场 > 流动力场，呈酸性
振动力场 = 流动力场，呈中性
振动力场 < 流动力场，呈碱性
同是酸性或碱性的氨基酸，也是呈梯度分布的，诸如又可分为强酸性与弱酸性，或强碱性与弱碱性，这个梯度分布的理解参照普通化学物质的酸碱性梯度分布就可以，就不继续展开说明。
这两种基本作用形态，及其构成的不同酸碱性的氨基酸，能让众多氨基酸分子以太旋涡能够相互吸形成肽链，进而形成不同种类的蛋白质，并让相应的蛋白质有特定的功能，或能成为机体组织的构架基础，或能让蛋白质破坏外界其它物质的耦合结构，是酶起催化作用的核心作用形态，等等。
无论哪种氨基酸，都存在振动力场与流动力场。一般来说，流动力场占主导地位的氨基酸若相互聚在一起，容易通过异极吸附作用而形成肽链长链分子进而形成大颗粒蛋白质分子，是组织纤维结构的主要成分之一；振动力场占主导地位的氨基酸，只能形成短链分子后形成小颗粒蛋白质分子，是酶的主要成分之一。会在后续章节中继续描绘这种不同氨基酸形成蛋白质分子的各类功能。
这两种基本力场作用的统一形态，就是氨基酸分子以太旋涡的波流一体。
